نسب آیت الله خامنه ای به حضرت سلطان سید محمد که از سادات حسینی است و با چهار واسطه فرزند امام سجاد می شود می رسد . ایشان به دلیل ظلم و جور عباسیان به مناطق مرکزی ایران و تفرش ، آشتیان و فراهان می آیند و از سوی مردم آن مناطق مورد استقبال قرار